Restablecido el tránsito por el camino real, se volvió a fundar Neiva en 1612, tarea emprendida por Diego de Ospina y Medinilla, que trajo consigo a las misiones jesuitas, a las que les encargó la reconstrucción de Villavieja y les encomendó a todos los indígenas, desde esta región hasta Tierradentro. Los españoles que llegaron durante la segunda mitad del siglo XVII vivieron del oro y los productos agrícolas que tributaban los indígenas. Luego, de la agricultura y la ganadería que fue impulsada por las grandes haciendas mediante el uso de la mano de obra esclava del indígena. Posteriormente, ante la escasez de aborígenes, los latifundistas se valieron de los negros. Un ejemplo de este fenómeno fue la hacienda Aposentos de Villavieja que, por más de cien años, fue propiedad de los jesuitas. Tenía más de 20.000 ha y 10.000 cabezas de ganado para abastecer de carne a la capital del virreinato, Santafé de Bogotá. La casa del Hato de Bateas, como hoy se llama esta antigua hacienda, aún permanece en pie en el área rural del municipio de Villavieja y es un ejemplo vivo de la arquitectura colonial en el Huila. La tranquilidad vivida en el territorio durante la Colonia, se rompió para la misma época de la revolución de los Comuneros de José Antonio Galán. Los rebeldes fueron liderados por Pedro León Perdomo y Toribio Zapata, y como también sucedió con el comunero Galán, hicieron sus proclamas a nombre de Tupac Amarú, siendo finalmente fusilados.

Durante el siglo XVIII imperó una política de urbanización promovida por España, gracias al poder económico de los hacendados. Fue así como se fundaron los municipios San Agustín, Garzón, Guadalupe, Suaza, Altamira, Tarqui, Gigante, Paicol, Tesalia, Villavieja, Yaguará, Palermo y Aipe. El 27 de julio de 1810 llegó el grito de independencia a estas tierras, siete días después de los sucesos en Santafé de Bogotá. José Acevedo y Gómez avisó a sus socios comerciales del Huila, los López, los Salas, los Díaz y los Tello, quienes proclamaron la libertad de Neiva y posteriormente, en la reconquista española, murieron a manos de Juan de Sámano. Neiva se unió entonces al ejército libertador de Simón Bolívar con un batallón para libertar a Ecuador, Perú y Bolivia. Lograda la emancipación, Neiva formó parte del departamento de Cundinamarca hasta 1863, cuando pasó a integrar el estado federal del Tolima, siendo su primera capital. Luego de la guerra de los Mil Días, en la Asamblea Constituyente de 1905 se creó el Huila como una nueva entidad político administrativa dentro de la república. En el presente, este departamento vive de la producción agroindustrial de arroz, café, tabaco, sorgo y maíz, y del auge del turismo focalizado esencialmente hacia el área del macizo colombiano, San Agustín, Neiva, el desierto de la Tatacoa, los termales de Rivera y la represa de Betania.